«— Такой был план.
— Не лучший план».По неизвестной причине у всех мутантов в Нью-Йорке начинают усиливаться способности. Даже у тех, кто всю жизнь прожил без них – они внезапно появляются. Ведь, по одной из версий, ген «Х» находится в клетках каждого человека. В городе наступает паника, и никто не может понять, с чем связанно подобное явление, за исключением…

«— И нет боли, которая могла бы его образумить.
— Многие так считают… пока больно не станет».В особняк Братства возвращается внезапно пропавший Магнето вместе со своим помощником Пиро. Они заявляют своим союзникам, что усиление способностей у мутантов – это их рук дело. Пока Иксмены не поняли, что произошло и пока усиление способностей работает, Магнето решает напасть на школу профессора Ксавье.

«— Я чувствую, что ты проник в мой мозг… что ты там ищешь?
— Я ищу надежду».Из-за резкого усиления способностей, профессор Ксавье впадает в кому, оставляя своих подопечных без защиты. Теперь им придется самостоятельно принимать решения и выяснять, что происходит в городе. При этом способности старших членов команды тоже плохо поддаются управлению, вызывая самые неожиданные последствия.

«— Думаешь, Фьюри что-то скрывает от нас?
— Фьюри — шпион, Капитан. Шпион с большой буквы.
У его секретов есть секреты».Чтобы как-то противостоять угрозе со стороны мутантов, ЩИТ решает применить новые технологии, позволяющие агентам связываться друг с другом через мысли – уникальная агентская сеть. Когда подобное собираются внедрять в команду «Мстителей», Тони Старк отказывается участвовать в этом, не смотря на то, что был одним из тех, кто данный проект спонсировал.  Он уходит из команды. В это же время на горизонте организации появляется новая угроза - секта фанатиков, мечтающих уничтожить мутантов. ЩИТу необходимо предотвратить подобный нацизм, иначе в стране может разразиться Гражданская война между людьми и мутантами.

«Ты так ясно видишь любую душу, кроме своей». Сотрудничество с Магнето обернулось провалом. Получив от Локи то, что ему необходимо, Леншерр отправляет бога нападать на авианосец ЩИТа, мотивируя это стратегическими маневрами. Почти победное ликование брата нарушает Тор. После продолжительной схватки, ему удается победить Локи и вместе братья отправляются домой. В Мидгарде остается невеста Локи - Сигюн, которой теперь нужно решить возвращать ей обратно в Асгард или же остаться на Земле.
В Асгарде Локи снова ожидает суд и неизвестно насколько в этот раз Один будет благосклонен к приемному сыну. Перед бывшим принцем нависает реальная угроза смертельного приговора, но спасут ли его от гнева Всеотца мать и брат?